تمتد الاتفاقية ما وراء حماية النباتات المزروعة إلى حماية الفلورا الطبيعية والمنتجات النباتية. وهي تراعي كلاً من الأضرار المباشرة وغير المباشرة التي تحدثها الآفات، وتشمل بالتالي الأعشاب. كما تغطي أيضاً المركبات، الطائرات، الأوعية، الحاويات، أماكن الخزن، التربة وأشياء أخرى تستطيع إيواء الآفات أو نشرها.

يشمل التطبيق تعاوناً بين المنظمات الإقليمية لوقاية النباتات (NPPOs) –وهي المصالح الرسمية التي أنشأتها الحكومات للقيام بوظائف حددتها الاتفاقية الدولية لوقاية النباتات – والمنظمات الإقليمية لوقاية النباتات (RPPOs)، التي تعمل كأجهزة تنسيق على مستوى إقليمي للوصول إلى أهداف الاتفاقية الدولية لوقاية النباتات.